Don Emilio Gandolfo era un intellettuale di valore. Faceva parte del cenacolo del cardinale Ferrari, che univa personalità laiche e cattoliche. Negli anni '80 era stato consulente ecclesiastico dell'Ambasciata d'Italia presso la Santa Sede, poi era stato spostato in Liguria, presso la parrocchia di Santa Margherita di Antiochia a Vernazza (La Spezia), nelle Cinque Terre. E' stato ucciso nella sua abitazione la sera di giovedì 2 dicembre 1999. Dopo le 19,30 qualcuno è entrato in casa, probabilmente dopo essersi fatto aprire dallo stesso sacerdote l'ingesso principale. Infatti non sono stati rilevati segni di effrazione, mentre accanto alla porta che dà accesso alle scale sono state trovate macchie di sangue. Il corpo è stato trovato nella camera da letto, in mezzo a un disordine generale, i fili del telefono strappati. Gli assassini hanno picchiato a lungo don Gandolfo, procurandogli numerose fratture. L'autopsia ha collocato l'ora della morte tra le 20,30 e le 21,30. In casa mancavano il telefono cellulare, un crocefisso di poco valore e un mazzo di chiavi, mentre sono stati lasciati il computer portatile, una somma di denaro contante (circa 700.000 lire), un orologio e una croce d'oro entrambi di valore. Nella chiesa attigua c'era un prezioso calice che non è stato toccato. Però i locali della canonica sono stati messi a soqquadro, come se gli assassini cercassero qualcosa. L'ipotesi che a lungo per gli inquirenti è stata la più plausibile è quella della rapina. Il Sostituto Procuratore di La Spezia, Maurizio Caporuscio, dopo aver ricordato la figura di don Gandolfo ha lanciato un appello: "Tutti coloro che possono sapere qualcosa si facciano vivi. Forse c'è qualcuno che ha visto qualcosa, anche una minima traccia: per l'amore di Dio si faccia vivo".